噪点控制是这两款机型最值关注的地方之一，作为数码单反，D40在成像面积上具有极为显著的优势，但富士所宣称的超级CCD结合自然影像技术，也让旗下产品的噪点控制同比更具优势，最高端的S9600相信尤其强大。下面是这两款机型在不同感光度下的噪点控制情况：
从实拍评测结果来看，D40在噪点控制上的优势极为明显。虽然它的最低感光度为ISO200，但此时它的画面具有相当高的纯净度，即使在暗部也没看到明显的噪点。S9600在ISO80和ISO100感光度设定下，画面同样具有较佳的纯净度，但和D40相比则略处于劣势。
当感光度提高到ISO200，S9600在噪点控制上的劣势变得非常明显。随着感光度的进一步提高，S9600在噪点控制上的劣势也越来越明显。D40凭借着APS-C规格的成像画幅，噪点抑制方面毫无悬念地胜出。