第1次冒险的3年后，数码世界又随即开端出现新的危机，为此而出现了新的被选中的孩子来拯救这个世界。除了阿武和小光外，原本被选中的孩子们都进入了中学，他们不能再长时间地守护数码世界和他们的数码兽同伴。某日，一位自称凯撒的凶暴少年俄然出现攻击数码精灵，还使用漆黑螺旋环和漆黑塔企图操控数码精灵们。在他的处处逼迫之下，数码精灵迫于无奈展开战斗。 新一代被选中的小孩们共3个，别的还有阿武和小光持续参战。他们每个人都取得一台新的暴龙机“D-3”，他们以此经过电脑进入数码世界，别的一个用途是“装甲进化”，只要使用数码装甲蛋就能够让他们的数码精灵即便在漆黑力气的操控下，也能够完成装甲进化。最终，大家成功阻挠凶恶的凯撒完成阴谋，可是他的最重要的数码精灵──虫虫兽因为小贤（凯撒的人格）的错而死去。 小贤对他之前错误的行为感到后悔，所以决定参加被选中的小孩们，与新出现的敌人亚基利兽（Archnemon）和她的同伴干尸兽（Mummymon）战斗。亚基利兽有独特的力气能够把漆黑塔的操控力变强。为了与这个新的威胁战斗，孩子们得知了DNA Digivolution，使他们的数码精灵合体以取得更多力气。最终，当战斗被带入现实世界，真正的策划者——及川 悠纪夫，为人所知。他从小贤那里得到了漆黑种子，并把它植入了希望和小贤相同的孩子们的身体里。那些种子使用小孩们心中漆黑的力气成长成为花。最终，被选招的孩子们面对及川，知道了他是个极端不合群的人，他仅有的朋友是伊织的爸爸——火田浩树。浩树和及川年轻的时候经常在一起玩电子游戏，最终着迷于数码世界并且十分希望到那里去。最终，有个物体从他的身体里弹出，无不同于“真正的”凶恶意念，以往第一辑的究极吸血魔兽（Venom Vamdemon），现在再生为凶恶吸血魔兽（Belial Vamdemon）。故事的最终，全世界的被选招的孩子全部帮忙，存在于每个人心中的光明和希望令数码世界从头回到那个美好的地方，而及川因为太衰弱而不能进入数码世界，他把自个的力气送给了自个酷爱的数码世界，和数码世界永远在一起。平和恢复后，数码世界和现实世界被联系起来，每个人都具有了自个的数码精灵。
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