数码宝贝不同于神奇宝贝，数码宝贝有一张非常复杂的进化网，之所以叫进化网是因为大多数数码宝贝都没有一条固定的进化线路，数码宝贝圈也流传着一句话，万兽出滚球，疫苗皆亚古，说的就是滚球兽可以进化成多种数码宝贝，但多条路线又何止是滚球兽呢？
数码宝贝有一个比较完整的背景故事，这个故事几乎可以贯穿除应用兽外全系列的数码宝贝作品，只不过由于各个方面的原因，动画将这故事进行了合理的拆分和改编才有了我们现在6部数码宝贝作品，但背景故事也是随着动漫的进程而日益完善，就像杰斯兽和顽固兽一样，最开始的故事里哪有它们？
数码宝贝的进化一般分两种，一种是自己在野外磨炼，不断成长从而进化，比如迪路兽，另一种则是通过人类数码机的关系来完成短暂进化，比如战斗暴龙兽等。但结合背景故事的话，有些数码宝贝是绝对不可能进化而来的，因为在背景故事里就没有它们的进化线！
按照官方后来给出的进化线是黑亚古兽→黑暗巨龙兽→金属巨龙兽→无限龙兽，但是！资深一点的数码迷都知道，机械邪龙兽在背景故事里并不是进化而来，而是钢铁帝国用数位成熟期和完全体机械型或改造型数码宝贝的零件组装而成。
在机械邪龙兽诞生以前，所有的改造型数码宝贝都可以被认为是机械邪龙兽的试作品，终于有一天钢铁帝国将它们身上优秀的零件拆下后再次组装，于是当时最强的机械型数码宝贝，机械邪龙兽（无限龙兽）诞生了，它也是首位被称为最强的数码宝贝！
动漫，游戏和背景故事所交代的情况均不相同，动漫中的基米拉兽是中二少年为了满足自己的虚荣心而搞出来的黑暗大杂烩，游戏中则是由德尔塔兽（三头龙兽）进化而来，背景故事则模糊不清，到底是为了对抗机械邪龙兽而诞生还是是机械邪龙兽的试作品，官方也没说明，但有一点可以肯定，基米拉兽绝对不可能进化而来，从它的外表就可以看出来，它和机械邪龙兽一样，都是组装而来。
进化线的设定是蘑菇兽→朽木兽→祖利兽→木偶兽，不过木偶兽的背景故事可不是这样的，木偶兽的身体是用被诅咒的树灵兽（祖利兽）的树干制作而成。黑客复制了祖利兽的数据，从中提取资料进行重组和改编，于是乎一个性格恶劣的木偶兽就诞生了，当然，这样诞生的木偶兽也不可能有心。