目前太一等人被分散到不同的地方，失散之后嘉儿（小光）甚至被骷髅骑士兽劫走，在后来遇上阿空但不得不为了保护森林的数码兽而战。
经过一轮的战斗，亚古兽和太一终于可以休息一下，而远处的黑大耳兽（垂耳兔兽）因为目击了战斗暴龙兽的觉醒进化而恢复在脑海中沉睡的远古记忆。原来它曾经是在古代时期参与过上古大战的光明势力的残党之一，正是传说中三大天使之一的智天使兽（基路比兽），由于上古大战时期过于惨烈而不得已退化到现在黑大耳兽。
而在上古战争所面对的最大BOSS，虽然只是说出了千年兽的头衔，但是从表现出来的体格可以明确的看出就是最终千年兽。最终千年兽是在黑暗中所诞生的最终兵器，最终三大天使携手六大究极体击败了最终千年，但同时也付出了惨重的代价，几乎所有数码兽都牺牲了，而且消灭的最终千年被击败之后并没有完全消灭，而是分成碎片散落到了数码世界的大陆中。
如今千年兽的碎片正以人类世界的数据作为能量不断蚕食，而这一点已经从数码世界上空中不断闪烁的黑色雷电就可以看出，按照这个情况不断进展千年兽或许不用多久就能重新复活。
而目前唯一的希望就是被选召的孩子以及神圣的数码宝贝，而目前进化天使兽的巴达兽已经找到，但是另外进化天女兽的迪路兽仍未见踪影。
随着千年兽的唤醒，再次有其他数码兽来进攻太一他们，无奈迎战的亚古兽只能再次进化成为战斗暴龙兽并最终通过缩小版盖亚能量炮来消灭对方。（话说回来缩小版的盖亚能量炮确实是比较小见，好像以前才出现过一次。不过这个使用方法看着就像螺旋丸，确定不是从隔壁博人传穿越过来的吗？PS：博人的声优就是太一的声优）
而最终的那只神圣数码宝贝也确定了与小光有关，所以如今的主要目标就是找回小光以及其他同伴。不过话说回来这次的小光塑造得越来越神神秘秘，没有以前活泼感觉不太惹人喜欢。通过不同的画面其实可以看到小光和骷髅骑士兽之间有一定的联系，按照传统来说迪路兽应该会在黑暗方首登场，其中更是BOSS亲属手下，难道骷髅骑士兽就是迪路兽？真是大胆的猜想。
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